ในเคนแรธได้แบ่งเนื้อเรื่องเป็น 3 ตอน ได้แก่ องก์ที่ 1 – กลับมารวมตัวกันใหม่, องก์ที่ 2 – การขึ้นสู่อำนาจของเคน และ องก์ที่ 3 – ฟื้นคืนชีพ

ในองก์ที่ 1 ย้อนไปหลังจาก สงครามไทบีเรียมครั้งที่สอง จบลงในปี 2034 นายพลแมคนีลและทหารฝ่ายจีดีไอต่างฉลองชัย ที่ภราดรภาพแห่งน็อดล่มสลาย และเชื่อว่าเคนได้ตายไปแล้ว แต่ว่าเคนยังมีชีวิตอยู่ ซึ่งได้หลบภัยอยู่ในใต้ดิน โดยมีบาดแผลที่หน้าจึงทำให้เคนต้องใส่หน้ากาก เคนโกรธแค้นที่ทุกคนในภราดรภาพต่างก็หนีไปหมด ทำให้ภราดรภาพเหลือแต่เพียงผู้เล่นกับเคนเท่านั้น จากนั้น เคนจึงได้สั่งการผู้เล่นให้ทำการขับไล่จีดีไอที่เมืองริโอ หลังจากภารกิจสำเร็จ เคนบอกกับผู้เล่นว่า น็อดขณะนี้ยังอ่อนแออยู่ ฉะนั้น เคนจึงได้เลือก ภราดามาร์ซิออน ซึ่งเป็นผู้นำคนใหม่ของกลุ่ม แบล็คแฮนด์ ซึ่งจะมาเป็นกำลังสำคัญในการสร้างภราดรภาพขึ้นมาใหม่ โดยหลังจากผู้เล่นจับ ภราดามาร์ซิออนได้แล้ว เคนจึงชักจูงมาร์ซิออนให้เข้าร่วม และได้ถอดหน้ากากเพื่อแสดงหน้าที่แท้จริง หลังจากนั้น เคนได้สั่งผู้เล่นให้ไปทำลาย สถานีวิจัยไทบีเรียมเหลว ที่ออสเตรเลีย เพื่อแสดงให้เห็นว่าน็อดได้กลับมาแล้ว จากนั้นผู้เล่นได้ถูกเคนทำให้หลับไปจนกว่าจะถึงเวลา

องก์ที่ 2 ในปี 2046 ก่อนเกิดสงครามไทบีเรียมครั้งที่สาม ลีเจียน ได้ตื่นขึ้น พบกับโลกที่เปลี่ยนไป และพบกับ อับเบส อเล็กซ่า โควัค แล้วเคนได้สั่งให้ ลีเจียน ไปโยฮันเนสเบิร์ก เพื่อยึดเครือข่ายปืนใหญ่ไอออนของจีดีไอ เพื่อที่จะทำให้ปืนใหญ่ใช้การไม่ได้ หลังจากนั้น ได้มีการประชุมพลังงานประจำปี โดยจัดที่สถานีอวกาศ ฟิลาเดลเพีย โดยมีผู้นำของจีดีไอหลายคนไป แต่มีอยู่คนหนึ่งซึ่งเคนต้องการให้อยู่บนโลกก็คือ เรดมอนด์ บอยล์ ปลัดกระทรวงการคลัง ซึ่งเคนต้องการให้เขา เป็นผู้นำจีดีไอ หลังจากที่ผู้เล่นได้ทำลายคลังอาวุธของจีดีไอแล้ว เคนจึงได้กดปุ่มยิงจรวดนิวเคลียร์ใส่ ฟิลาเดลเฟีย หลังจากนั้นเคนก็ได้สั่ง ลีเจียน ให้ไปจับตัว ดร.จีเราด์ ที่สถานีวิจัยของเขา หลังจากเสร็จภารกิจแล้ว อเล็กซ่า คิดว่า นายพล คิลเลียน กาตาร์ นั้นในอนาคต เธอจะเป็นคนที่ทรยศต่อเคน อเล็กซ่า จึงสั่งให้ ลีเจียน ปลอมเป็นกองทัพของคิลเลียน ไปโจมตีที่วิหารไพร์ม และขโมยแพลนสนามพลังไอออน ด้วย หลังจากนั้น เรดมอนด์ บอยด์ ผู้อำนวยการของจีดีไอ ได้สั่งโจมตีวิหารไพร์มด้วยการยิงปืนใหญ่ไอออน จึงทำให้ไทบีเรียมเหลวที่อยู่ในชั้นใต้ดินของวิหาร เกิดระเบิดรุนแรง อเล็กซ่า ไม่เชื่อว่าเคนตายแล้ว แต่แล้วเคนก็ได้ปรากฏบนหน้าจอ บอกอเล็กซ่าว่า นายพลคิลเลียนไม่มีความศรัทธาในภราดรภาพ เธอควรได้รับการลงโทษ ในการทรยศครั้งนี้ จากนั้นเคนได้สั่ง ลีเจียน ให้ไปขโมย ทาซิตัส มาจากจีดีไอ ในระหว่างทำภารกิจอยู่นั้น อเล็กซ่า ได้ป้อนไวรัสลงไปใน ลีเจียน เพราะเธอไม่ยอมให้เกิดยุดเครื่องจักรครองโลก แต่เคนได้ปรากฏตัว และทำการกู้ข้อมูล ลีเจียน แต่ไม่สำเร็จ อเล็กซ่าได้บอกกับเคนว่า เธอเป็นคนที่โจมตีวิหารไพร์ม เคนจึงสั่งให้สอบสวน แต่เธอก็ชักปืนพกยิงฆ่าตัวตาย และลีเจียนก็ดับไป

องก์ที่ 3 ลีเจียนตื่นขึ้นมาอีกครั้ง ในปี 2052 ซึ่งสงครามไทบีเรียมครั้งที่สามได้จบลงแล้ว ซึ่งตอนนี้เคนได้บอกถึงกองกำลังไซบอร์กที่ซ่อนตัวอยู่ในโซนสีแดงของรัสเซียและเอเซียตะวันออกเฉียงใต้ ซึ่งชื่อว่า มาร์คออฟเคน หลังจากได้กองทัพมาร์คออฟเคนแล้ว เคนรู้สึกโกรธเคืองที่ จีดีไอเอาทาซิตัสไปทดลองจน ไม่เสถียร เคนจึงสั่งให้ลีเจียน นำทาซิตัสกลับมาอย่างเร็ว โดยอยู่ที่สถานีวิจัยบนเทือกเขาร็อกกี้ หลังนำกลับมาได้แล้ว เคนจึงเอาทาซิตัสเข้ากับลีเจียน และในตอนจบของภาพยนตร์ก็ย้อนกลับมาที่วิดีโอแนะนำในโหมดบทยุทธการของฝ่ายสคริน ใน คอมมานด์ & คองเคอร์ 3: ไทบีเรียมวอร์ส